วัดหัวเนิน เป็นวัดเก่าแก่ คาดว่าสร้างในสมัยต้นกรุงรัตนโกสินทร์ เดิมวัดไม่ได้อยู่ ณ ที่ตั้งปัจจุบัน เนื่องจากในสมัย พ.ศ. 2461 สมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์ วัดเทพศิรินทราวาส (เจริญ ญาณวโร) ได้เดินทางทางเรือเพื่อจะไปธุระที่วัดแสนภูดาษ ได้ล่องเรือผ่านวัดหัวเนินและเห็นว่าที่ตั้งเดิมของวัดอยู่ในที่อับ ไม่เหมาะในการเดินทางมาทำบุญของชาวบ้าน จึงได้หารือกับมัคนายกวัด คือ นายแป๊ะ ศรนารายณ์ ว่าควรหาที่ตั้งวัดใหม่ ประกอบกับที่ดินที่จะตั้งวัดใหม่ (ที่ตั้งวัดในปัจจุบัน) เป็นของนางเข็ม หมุดธรรม ซึ่งมีความศรัทธาต่อสมเด็จพระพุทธโฆษาจารย์อยู่เดิมแล้ว ได้ทราบเรื่องจึงถวายที่ดินให้ จำนวน 11 ไร่ 2 งาน ต่อมาได้ซื้อที่ดินเพิ่มเป็น 120 ไร่